Zusätzlich zu seinen Modeangeboten wagt sich das Unternehmen in den Bereich geschlechtsneutraler Düfte, wobei es oft Konventionen der Parfümeriebranche widerspricht und die Ästhetik seiner Modelinien widerspiegelt. Comme des Garçons brachte 1994 seinen ersten Duft heraus, gefolgt von seinem bahnbrechenden Anti-Parfüm Odeur 53 im Jahr 1998. Anschließend führte die Marke GIRL ein, einen Unisex-Duft, sowie die Luxe Champaca-Serie, und erweiterte so ihr olfaktorisches Repertoire weiter.